بنا به روایتی امامزاده محمد (ع) فرزند امام صادق (ع) یا نوهی ایشان است و گفته میشود که امام صادق (ع) امامزاده محمد (ع) را برای راهنمایی و هدایت مردم، همراهِ بایزید به بسطام فرستاده بود.
زائر سرای مسجد امام خمینی در کمربندی شاهرود واقع شده و از لحاظ موقعیت جغرافیایی در نزدیکی مراکزی مانند جایگاه سوخت ثامنالائمه و رستوران اکبر جوجه و پلیس راه شاهرود میامی قرار گرفته است.